La MFR pratique la pédagogie de l’alternance associant périodes scolaire et stages en entreprise selon un rythme propre à chaque formation. (Cf. onglet "Infos pratiques" rubrique "Plannings"). Ce système permet aux jeunes en formation de s’habituer au monde du travail et d’acquérir l’expérience tant recherchée par les employeurs.
Basée sur le vécu, elle met tout en œuvre pour aider chaque adolescent à réussir sa vie sociale et professionnelle en lui donnant des repères.
Les MFR gardent à l'esprit que tous les élèves peuvent apprendre mais sans être contraint.
Ainsi comme le dit Philippe MEIRIEU, "Chacun apprend une stratégie qui lui est propre mais qui n'est pas, pour autant, figée. Il peut la modifier et l'enrichir en fonction de ses expériences ".
En effet, le pédagogue de l'alternance s'appuie sur l'entreprendre pour développer le goût d'apprendre.